肛门湿疹的病因复杂且多变，由多种因素相互影响引起病症，包括生物的外界因素、物理的、化学的和机体内在的精神神经失衡，代谢功能障碍，器官功能失调，表现于临床是一种非特异性变态反应，难以确认某一单纯因素引发湿疹，也难以用排除某一因素而使症状缓解而痊愈。
肛门湿疹病因分原发性和继发性两种，前者原因不明，后者多由肛瘘、肛裂等炎症或分泌物刺激所致。常见因素有下列几种：
一、变态反应
这是发病的主要原因，有内在和外在方面，如病灶感染、致敏的食物、药物或接触某些致敏物品。
二、疾病因素
在某些疾病如内分泌失调、营养不良、消化功能紊乱、肠道寄生虫病等的患病过程中，病人对某些过敏性物质感受性增强容易诱发。
三、局部病变
如痔、肛瘘、肛裂、肛门失禁等疾病的慢性炎症刺激，也可诱发。
四、刺激性因素
肛门直接受到碘酒、酒精、强酸强碱等刺激而诱发湿疹。
五、神经功能障碍及内分泌失调
因过度疲劳、精神紧张、忧郁、失眠等也可诱发肛门湿疹。
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